但是在云南那边李定国的军队节节败退，军士死伤大半，无力保护永历政权，缅甸这边的态度也逐渐发生了变化。恰好此时，缅甸又发生了宫廷政变，对永历政权还算友好的国王莽达被弟弟莽白处死。
神武八年五月二十三日，缅甸国王的弟弟莽白在群臣支持下发动宫廷政变，处死了莽达，自立为王。新国王看到许多大臣前来祝贺，惟独朱由榔未到，感到很生气。其实朱由榔并不是不想来，而是因为坐吃山空，经费上陷入窘境，拿不出多少像样的贺礼。可莽白认为他们根本不像贫穷之人，觉得他们欺骗自己。国王对朱由榔等人的态度也发生了转变，再加上永历政权大势已去，便生出了除掉他们的念头。
莽白借口朱由榔不送贺礼，便派使节前去索要，结果也没得到什么，便命使节当面责备道：“我已经劳苦两载，你们的皇帝及大臣应该重重感谢我。前年五月，我王打算杀掉你们，还是我力保不肯。你们这些人毫不知恩报恩。”说完愤愤而去。永历官员极力辩解，但对方不为所动，自此双方关系逐渐恶化。
神武十年七月十六日，缅甸国王莽白决定铲除永历随行官员。他派人通知永历廷臣过金沙江议事。鉴于双方关系紧张，永历文武官员心怀疑惧都不敢去。十八日，缅甸使者又来说：“我王恐怕你们怀有别的企图，因此想让你们一起到河边共同‘饮咒水’，对天盟誓。借此也可以加强贸易往来，否则我们就断绝关系，你们的生活就会更加艰难。”
朱由榔和文武群臣不知道该怎么办，世镇云南的黔国公沐天波答复道：“你们的宣慰司原是我中国封的地方。今我君臣到来，是天朝上邦。你国王该在此应答，才是下邦之礼，如何反将我君臣困在这里？今又如何行此奸计？尔去告知国王，就说我天朝皇帝，不过是天命所使，今已行到无生之地，岂受尔土人之欺？我君臣虽在势穷，量尔国王不敢无礼。任尔国兵百万，象有千条，我君臣不过随天命一死而已。但我君臣死后，自有人来与尔国王算账。”
漂亮话虽然好说，但在缅方坚持下，朱由榔还是不得不派人前往。可谁去赴约？朱由榔最后决定由大学士文安侯马吉翔、太监李国泰等人前往，但两人提出要由黔国公沐天波同去。沐氏是西南边境各邦国、土司重视的人物，马吉翔等认为有沐天波在场，不致横生意外。
第二日黎明，马吉翔等召集大小官员渡河前往缅军驻地塔下，准备“饮咒水”盟誓，仅留内官十三人和跛足总兵邓凯看守“行宫”。上午，文武官员到达塔下即被缅兵三千人团团围定。缅方指挥官命人将沐天波拖出包围圈。沐天波知道横生变数，夺取卫士的刀奋起反抗，杀缅兵九人；总兵魏豹、王升、王启隆也抓起柴棒还击，终因寡不敌众，都被杀害。
其他被骗来“饮咒水”的官员全部遇难，其中包括马吉翔、马雄飞、王维恭，总兵王自金、陈谦等，总兵改授通判安朝柱，锦衣卫掌卫事任子信和金书张拱极、丁调鼎等，内官李国泰、李茂芳等，吉王府官张伯宗等。后来统计，这次“咒水之难”共被杀四十二人。缅军谋杀永历王朝的扈从人员后，随即蜂拥突入永历君臣住所，共诛杀三百多人，同时搜掠财物女子。
朱由榔看到事情这样，仓促中决定同中宫皇后一起自缢。侍卫总兵邓凯规劝道：“太后年老，飘落异域。皇上丢失社稷已经是不忠，今丢下太后又不孝，何以见高皇帝于地下？”永历帝才放弃了自尽的打算。
最后缅兵把永历帝、太后、皇后、太子等二十五人集中于一所小屋内，对其余人员及扈从官员家属滥加侮辱。永历帝的刘、杨二贵人，吉王与妃妾等百余人大都自缢而死。缅兵搜刮已尽时，缅甸大臣才在通事导引下来到，假惺惺地喝令缅兵：“王有令在此，不可伤皇帝及沐国公。”可是，沐天波已经在“饮咒水”时被杀。
朱由榔的临时行宫尸横满地，已无法居住，缅甸官员请朱由榔等移往别处暂住。沐天波屋内尚有内官、妇女二百余人也聚作一处，“母哭其子，妻哭其夫，女哭其父，惊闻数十里”。洗劫之后，幸存人员已无法生活，附近缅甸寺庙的僧众送来饮食，才得以苟延残喘。
二十一日，缅方把永历君臣原住地清理以后，又请他们移回此处，给他们送来了食物和衣服。二十五日，又送来铺盖、银、布等物，说：“缅王实无此意，都是因为晋、巩两藩杀害地方百姓，缅民恨之入骨，因而报仇罢了。”
朱由榔经此番打击，对前途已完全失望，但也不愿意被送到朱宏三手上，那样真比死了还难受。十月十八日，朱由榔对总兵邓凯说：“太后又一次病倒了，如果天意不可挽回，朱宏三那逆贼来杀朕就让他来杀好了，你就不要管联了。但是希望你能使太后骸骨得归故土。”
这时缅甸当局之所以没有立即杀掉朱由榔，是因为当时朱宏三的军队已经占领云南，这时朱宏三的后军大都督周玉带着八万士兵就在明缅边境，周玉在半年前将李定国的一万多残军全部消灭干净，李定国也死在军中。
原本按照周玉的意思直接杀过去，什么缅甸王、朱由榔，统统杀光完事。但是这时周玉已经不是当年那个副营长了，而是新朝九位公爵之一。周玉的身边人有人进言，朱由榔身份十分特殊，虽然皇帝有令生死不论，但是大家都知道现在朝中很多人都是当年朱由榔的旧臣，比如现在的云贵总督吕大器。杀了朱由榔很简单，但是那帮读书人不敢得罪皇帝，那作为直接执行人的周玉可就倒了大霉。
周玉一想也对，现在已经不是战争年代，朝中文人的势力逐渐压过武将的势力，以防万一还是留朱由榔一命吧！
这样周玉才行文缅甸政府，要他们交出朱由榔。莽白看到清兵势不可挡，也想借此讨好新兴的神武政权。在周玉的威逼利诱下，莽白于神武十年十一月，将朱由榔及其家属送交周玉。
周玉接受朱由榔后，在身边谋士的建议下并不去亲自拜见朱由榔，而是好吃好喝的将朱由榔供起来，毕竟朱由榔现在开始生死就不是周玉能管的了，一切都要北京的皇帝做决断。
对朱宏三威胁最大的永历政权被消灭，朱由榔被抓住，但是周玉没有皇帝的命令并不敢随便班师，所以派出一千名士兵押解朱由榔回昆明，周玉自己带着剩下的军队驻扎在明缅边境。
周玉对待朱由榔还不错，也没有孽待他，每日定时给朱由榔夫妻还有太后、太子等人供奉食物。但是朱由榔心中还是有些后悔，不如当时自杀了事。
经过半个月的旅程，朱由榔回到自己已经离开三年多的昆明，城还是那个城，民还是那些民，但是都已经不是他朱由榔的臣民了。
云贵总督吕大器早已经接到周玉的消息，今天早上就准备停当来到城门外等候。吕大器的幕僚都劝吕大器不要这样，虽然吕大器当过朱由榔的臣子，可是现在毕竟吃朱宏三的饭。并且朱宏三这个皇帝明显的小心眼，万一真觉着你吕大器和朱由榔旧情未了可怎么办？
但是吕大器并不管手下人的劝阻，现在自己虽然是朱宏三的臣子，但是毕竟当过朱由榔的内阁阁老，做人不能这么无耻。
吕大器看到桂王的车子到了，赶紧进走几步，上前跪倒施礼说道：“老臣吕大器，拜见陛下！”如果朱宏三在这一定要气歪鼻子，朱宏三为了收买人心，规定士大夫看到皇帝都不用下跪，现在吕大器领着朱宏三的工资，竟然跪拜前主子，实在有些过分了。
这时朱由榔已经将一身龙袍脱了下来，换上普通的布衣，这时看到旧人也留下了眼泪。朱由榔上前搀扶起吕大器说道：“吕先生，现在你是神武陛下的臣子，不用在给我这个亲王行礼了，让陛下知道不好！”朱由榔为了活命，已经给朱宏三上书自行退位，还是当自己的桂王。
吕大器在朱由榔的搀扶下站起来，老泪纵横的说道：“臣只要当过陛下一天的臣子，就永远是陛下的臣子！”
朱由榔看到吕大器这么忠贞，再加上感叹自己的命运，不禁和吕大器抱头痛哭。
二人哭完吕大器将朱由榔迎进昆明城，还是住在朱由榔以前的行宫中，不过吕大器人老奸马老猾，知道那个昏君朱宏三什么事都干得出来。吕大器很怕昆明城中的锦衣卫将朱由榔暗害，所以亲自带着自己的卫兵守卫在朱由榔门口，生怕朱由榔有什么不测。