下一步他要士兵开始进行真人对练，将短枪的枪头取下来，用布包着白灰，进行对练，练完后根据白灰的位置和多少判断胜负，当然练的时候教官是可以随时叫停的，比如头颈部中枪即判为负，直接停止，而如是腿部中枪则可再战，每一次的对战成绩都会进行统计，成绩优异的则会让他们进行一人对两人甚至更多人的训练。
而文化学习果然如朱由校所预料的那样，士兵的学习速度越来越快，而王体乾先就让每个识字太监告诉士兵，认字成绩不好的不能当军官，这也使得京营士兵学文化的积极性格外高，一有空余时间，总能看到士兵们两人一组，互相边学边考。
三个月训练学习后，终于到了进行军官选拔的日子。这天清晨，所有的士兵都站在校场里，将偌大的校场挤得满满当当，只是却安静得象没有人一样，这让朱由校非常满意。
朱由校亲自上台讲话，他拿了一个铁皮制的大喇叭，可以在一定程度上起到扩音的作用。
他先面向士兵们右手向上翻，左右转动身体，然后大声叫道：“一切为了大明！”
士兵们也举手敬礼，轰然回答：“一切为了大明，一切为了皇上！”
“今日我们在京营里做的事，是以前从来没有人做过的，朕相信等你们老了，和你们的儿孙们闲话时，一定会告诉他们，你经历了一次完全靠能力来挑选军官的盛事，朕需要的是能作战的军队，而不是靠父祖之荫而居于上位的废物，你们将会见证这一历史时刻，我们大明重新走向辉煌的伟大时刻。现在开始军官选拔。”
众将带动士兵们开始鼓掌，雷鸣般的掌声在校场之上回荡，将旁边树上的鸟惊得四处乱飞。大明军官一般都是世袭，你父亲提普通军户，那如果没有极其特殊的情况，或者在战时立了功而上官又没有贪没你的功劳，你一辈子也就是普通军户。而现在你只要训练得好，那就有可能当上军官，这样的好事，在大明朝可真是开天辟地头一遭。
待士兵掌声渐歇后，朱由校退了下来，鲁钦上前叫道：“全体都有，原地坐下。”士兵们坐下时虽然闹出了一些动静，但还是很快就安静了下来。
鲁钦接着说道：”奉圣上谕旨，今日京营进行各级军官的公开选拔。选拔的标准只有一条，成绩！三个多月的训练和学习，我们都统计了成绩，就按成绩高低进行选拔。总成绩是训练成绩占六成，学习成绩占四成，这是圣上厚恩，大家不用因为家世出身问题而被排除在外，只要你肯好好训练，好好学习，训练得好，字认得多，你就可以当上军官。“
“请各位选上的军官和全体士兵要明白，只有我们的圣上，才能给大家这样一个机会，我们是圣上的新军，我们要永远忠于圣上，为圣上而战！一切为了大明，一切为了皇上。”
底下的士兵又喊了一次口号后，选拔正式开始。首先进行的是营长和营副的选拔，按照总成绩从高到低，选出了十二个营长和十二个营副，一般来说，营长是训练成绩优异的，而营副则是学习成绩优秀的。让他们自由选择，搭成十二对。又根据他们的兴趣和特长，分成六个步兵营和四个骑兵营，两个炮兵营，确定好以后，分开站在了校场中士兵的后方，每个营长身前竖一个牌子，分别写上”步“，”骑“，”炮“。
然后鲁钦说道：“下面开始选局长和局副，注意，我会念出你们的名字，你听到名字后，在后面十二个营长和营副中选一个，站在他们的后面一排，注意牌子上的字，你是想当哪一种兵的，就要选牌子上相同的字，不要搞错，错了就改不过来了。”
朱由校觉得在这个时代，同乡甚至亲戚关系在军队中应该很有用，所以想出了这样一个方法。人总是会选择自己相对来说比较熟的人一起抱团，而这样在战斗中也会更加团结。
鲁钦念得较慢，听到自己名字的人站起来，满脸不敢相信的样子，然后开始找自己相熟的营长或者营副，结果大家一般都比较满意。少数特殊情况如一个营里局长太多或者太少，都由周遇吉等人进行调剂，也很快就解决好了。
用这种方法，再选出了司级，旗级，队级的军官后，时间已经接近中午。从皇帝到士兵，没有一个人中途退出。最后一步的士兵选择就比较简单了，因为先排队的时候就是按籍贯分的，所以这个虽然人数最多，反而是分组最快的一个步骤。
京营按照新的结构排好后，再一次在校场里接受皇帝的检阅。朱由校亲手将一面面营旗交到营长手里，营旗很简单，上面写的就是步兵第一营，骑兵第一营，炮兵第二营什么的，朱由校本来准备在上面画上刺刀，大炮，马呀什么的，后来想等以后成亲了让后宫再绣吧，所以就成了现在这样简单的样子了。营长接过营旗，敬礼，整个营的士兵一起喊道：“一切为了大明，一切为了皇上。”然后在皇帝面前齐步走过，整个过程中，朱由校都保持敬礼的姿态。
中午朱由校在京营里吃饭，士兵们看到皇上和军官们和自己吃一样的食物，都觉得自己简直是在做梦。
饭后朱由校召集了营以上的军官开会，决定由杨光夔负总责，暂时由杨光皋带领炮兵两个营，鲁钦带领骑兵四个营，周遇吉带领步兵六个营。京营今后的训练任务主要有三个：第一是继续进行文化学习，特别是军官的识字数目要提高到五百字，第二是开始进行队列训练，在冷兵器时代，队列训练非常重要，在战场上，脱离了建制的士兵的战斗力可以视之为零。第三是所有正兵除了继续进行短枪刺杀训练外，骑兵和炮兵也要进行骑术和操炮训练，步兵则要进行燧发火铳的训练。