在李真俊躺在医疗舱101天时，布防在第五区的航母群遭到袭击，令所有人意料不及的是一夜之间所有的航母和大小舰船全部葬身海底，攻击航母的不是虫族和反脑联军，而是一阵突如其来的龙卷风。
龙卷风分级是1971年芝加哥大学的藤田哲也博士提出的，最弱的是ef0级，最高的为ef5级。ef5级风速超过每小时200mph，也就是超过了322kmh，房屋轻易被吹毁，汽车任意刮飞，路面上的沥青也会被刮走，货车、火车、列车全部脱离地面，场景仿佛不是发生在地球，而是出现在失去重力的茫茫宇宙中。
根据后期天文气象的报告当天第五区临海的龙卷风超过每小时7582公里的风速，雷达上估测到了1318mph的大风，这似乎是不可能的现象到底还是出现了，也证明了双头鸟教官说的那句名言警句：“不可能就是被可能打破的。”
而下面的事情证实了虫族掌握了制造ef6巨型龙卷风的技术。
ef6巨型龙卷风卷起的二百多米的滔天巨浪将航母群几乎全部覆灭，只有一艘在南海基地维修的航母幸免于难，二天后，第一区十几个城市上空落下数不清的船只残骸和海军士兵尸体，显而易见这是来自于虫族的警告，龙卷风可以毫不费力地把吸到空中的物体带上天空，再无情地抛落地面。人类和虫子的地位开始调换，虫子成为主宰，人类成为随时可以捏死的小蚂蚁。
这种赤裸裸的威胁是有效的，本来坚决要战斗到底的人类居民开始惧怕、恐慌、逃避，虫族似乎变成了一个不可抵挡的对手，原因是它们掌握了人类无法理解的超级武器，人的贪欲和恐惧是无边无际的，有很多新兵开始退缩，甚至被家人强制拉回家的。智脑联邦序列军的35个军团，一周以后只剩下20个军，以一个军团平均20万人来计算，智脑联邦还有400万人的军队，从人数角度来分析，依旧人类占有绝大的优势。
前提条件是智脑联邦控制下的机器人如果没有叛变的话。
航母战斗群覆灭的一周后，正面战场开始发生转折，好几个智脑序列军中的警察机器人反水叛变，事先虽然已经有无数专家和民众再强调，军队应该完全弃用机器人，可半世纪无论军用或者民用都太依靠所谓的智能机器人了，人可以一天不吃饭，但不能一天没有光脑和机器人，军队就更不用说了，许多体力劳力都是由机器人完成的，22世纪的军人士兵不仅少了原本的血性，也不愿意从事更多看起来毫无意义的体力劳动。
懒惰造就了机器人，机器人叫醒了酣睡中的人类，哪怕是以血的代价。
20个军在第五区和虫族正面大战中完全被击溃，输的一点悬念都没有，从一开始军团总指挥部被警察机器人轰成废墟，民众们就该预料到这个结果。
绝望中似乎有那么一点点希望，ef6巨型龙卷风不能在陆地上被启用，在正面战场上虫族显然二次都尝试着发动巨型龙卷风攻击智脑序列军的主力，结果只发动了连ef4级都不到的中型龙卷风，吹飞身穿铠甲的士兵都非常困难。
也许是老天怜悯人类，20个军溃败下来组成了三个集团军，分别由三名颇有威望的统帅率领，其中两位统帅在军用v世界里名声鼎沸，他们分别是：智脑联邦人气女将白柔少将、星际联盟陆军指挥官理查德中将、以及有“棋圣”之名的阿哲中将。这是历史上第一次由少将和中将当军团总司令的情形，造成这种局面的原因是，大多数大佬们死在警察机器人的暴动之下，尚存的上将们大多没有指挥过上万人的部队。从星际联盟陆军出来的理查德中将所指挥智脑联邦的部队就能看出，智脑联邦军队体系开始崩溃，或许从机器人被虫族控制那天智脑联邦管理体系就已经名存实亡了。
三个集团军由平均年纪32岁的将军统辖重新编制集结到第四区重要的粮仓附近，显而易见，以虫族现有的粮食不足以让它们打持久战，现在虫族大约有200万军队，耗费的粮食是巨大的，哪怕它们在地底存储了半个世纪的粮食，根据测算师的详细计算也只能支持五天左右的时间，而人类还有三个集团军共计60万军力，还剩下几千枚核弹头，在第四区边界内支撑五天还是做得到的。
可惜战争似乎从来不以人的意志为转移，人类科学家确实算对了虫族的食物存仓量及繁殖率，却忘记了新生的虫子是不挑食的，没有粮食还能吃那些即将寿命走到尽头的虫子的。连续一个月的正面相持战打的人类吃不消了。就连有“棋圣”之名的阿哲中将都在几次战役中频频指挥失误，再优秀的将领在兵援不足的情况下也难以有回天之力。被人类成为堪比智脑精算的阿哲中将第一个选择战略性后撤，将人类第一集团军退守到了联邦第二区，客观的说他的选择无疑是正确的，二区离三区中间隔着世界最大的一段死亡沙漠，虫族以现在的短暂寿命是没命攻过去的。
第一集团军的退走，导致带给第二集团军和第三集团军巨大的压力，白柔少将气愤智脑联邦的胆怯和无能，带着几十万军队投奔到星际联盟理查德中将麾下，加上不愿意撤退的第一集团军部分军官士兵共计40多万人，开始避开虫族主力，大迂回行军到虫族后方第五区的后勤补给地区，进行猛烈攻击。在反脑联军30万人派兵压制的情况下，又化整为零的进行运动战，大小的战斗一直持续了一个多月，结果是联邦的第三区和第四区被虫族占领，第五区的第三集团军在不断地对虫族大本营骚扰，甚至投放了无数有毒的化学物质在地心世界，试图将虫族的大本营毁去，事实上这种进攻也没有起到多大作用，虫族防御体系是多方位的。
在李真俊离开医疗舱后，他正身处理查德同率领的第二集团军区内，而智脑联邦彻底崩溃，第一区的智脑主机被迫停止运转，理由是有可能智脑已经被虫族彻底控制了，从此智脑统治了半个多世纪的人类文明正式终结。
在“末日战争”时代，大半土地和人口被虫族占领，人类不再使用光脑和依赖计算机，所有的核武器和能源也在虫族占领后被摧毁，最为发达的人类第一区只剩下宇宙发射台在每天不断地发射运输舰将民众送到宇宙太空寻求星际联盟收留。
星际联盟三颗行星原本月球常住人口一百万，金星三百万，火星二千万的数据在几个月间被翻了二倍不止，宇宙避难的需求日益增加，可宇宙的资源不足以供给如此多的难民，百亿的地球居民全部逃亡到这颗星球的话，星际联盟的现有的供给只够维持20分钟的。于是星际联盟设定上限：月球最大移民为三百万人口，金星六百万，火星六千万，优先移民的只有三种：学员军官、妇女和小孩。