但举朝撤离北京，不论表面上说得怎样冠冕堂皇，具体做出怎样的安排，实际上都意味着要最后放弃北京和北方广大地区，下一步大概只能在江南偏安一隅。
那样的话虽然算不上亡国，但导致一个一统天下成为半壁山河，却也有点像历史上晋代的惠帝、宋代的徽宗，难免要担误国昏君的名声。
自以为是圣贤之君而且极重视自己脸面的崇祯皇帝因而在这个问题上又一直极为慎重。他希望最好是能有一个有威望的大臣出面力主南迁，而自己则最后在群臣的极力劝说之下“不得已”而为之。至少可以保持一点面子。
而在这个问题上，崇祯皇帝的心态多少有点像在对清构和问题上的心态，内心极想，却不愿露出形迹，因而在酝酿的时候极其机密，到后来却多半不会有什么结果。
最倒霉的常常是参与了机密的人，一旦稍有泄露，就会被当作遮羞和泄忿的牺牲品。当年陈新甲就为了泄露和款的天机而被杀，就有着崇祯皇帝欲盖弥彰的原因。
出于这样的心理，在崇祯十六年初，关于南迁的讨论也进行得极其诡密。正月初三日，宫里城里都还在忙着过年，崇祯皇帝悄悄地把詹事府左中允李明睿召进宫来，在德政殿里秘密召见。
李明睿只是个不起眼的文学侍从之臣，这次能够受到特别召见，是因为他一直主张“南迁图存”。他在年前曾上疏提出过这个问题，由于人微言轻，并没有引起强烈反响。
崇祯皇帝在召见李明睿的时候把左右人等完全摒退，又再三四顾无人之后，才仔细讯问了关于南迁的设想。并且对他说：“朕早已有南迁之意，但无人赞襄。才拖到今日。你的意见同朕一致，朕决心已定。但诸臣都不同意，怎么办？你现在要保守秘密。”
崇祯皇帝同李明睿谈了很长时间。中间还在文昭阁赐宴赐茶，茶饭后召入再谈。详细地商量了南迁的具体路线、沿途护卫、饷银以及留守等诸方面的事宜，直到天黑才让李明睿出宫。
从这次极不平常的召见中可以看出，崇祯皇帝当时在内心里确实已经决定了举朝南迁，但出于名声和面子的考虑，他却迟迟没有把这个问题提到桌面上来交群臣进行讨论，他所希望的由阁部重臣首先提请南迁的情况也一直没有发生，因而一拖再拖。
所谓南迁图存终于成为泡影。而在这时候，崇祯皇帝再想要找一个如杨嗣昌、陈新甲那样可以说说心里话的股肱大臣也已经没有了。因为其他大臣都知道，就算是南迁成功，自己有了“首议之功”。可崇祯皇帝未来一定会秋后算账，用自己的脑袋来挽回他的颜面的。那么谁又敢去做哪必死之事呢？
当然，崇祯皇帝也不是只有南迁这一手准备的，发现弃城逃跑难以施行，那就只有尽最大努力加强京城的守备。
而京城的常备卫戍部队是所谓的“京营”。是一支**已极的部队，平时闹饷生事，战时不堪一击。数年来清兵几次威胁京师，真正的保卫力量主要都是靠着各路勤王部队。
可是这一次大顺军可能不久就要兵临城下，调军入卫的事当然应该早作安排。可是京城以外的北方各路兵马要在沿途抵御大顺军。不可能事先龟缩到天子脚下，南方的部队又远水不解近渴，崇祯皇帝能想到的只有山海关外面的宁远总兵吴三桂部（当时朝廷也把余继率领的狼啸镇，也算到了吴三桂的关宁铁骑兵力中）。
而吴三桂出身将门，其父吴襄、舅父祖大寿都是关外著名的将领，他以大将子弟从戎，人称精明深沉，勇武敢战，不到三十岁就身任专阃大帅。他所率的四万精兵在关外的历次对清作战中表现也是比较突出的，虽然在松锦战役中有过不光彩的逃跑历史，仍然被一致认为是关门最有战斗力的劲旅。
在京师危急的时候，调吴三桂部入卫虽然未必真能挡住大顺军的几十万雄师，却能给弱不禁风的朝廷增加一点信心。问题在于，抽调吴三桂军入京，就必须放弃关外硕果仅存的宁远城和镇远城，而且山海关的防御也会因此大为空虚，清军一旦乘虚而入，后果同样不堪设想。这样拆东墙补西墙的办法，同样使崇祯皇帝和他的朝臣们两面为难。
为了解救眼前之急，崇祯帝还是在三月的一次召对中首先提出了调吴三桂军入关的问题。但这一次同历来一样，他仍然不想自己担负弃关外之地和造成关门空虚的责任，因而只是提出由吴三桂带精兵五千前往山西助剿，说是关外余兵尚多，不致造成山海边防的破坏。同时，他又对阁臣们说：“此等重大军机，应行与否，原应先生们主持担任，未可推诿，延缓误事。”还是要大臣们承担责任。
可大臣们却早已从历史的经验中得知，一旦主动承担了调边兵入关的谋划，将来追究起弃关外之地和山海关残破的责任来，皇上大概又要寻找替罪羊，那就是杀身之祸。因而大家一口咬定，就是不同意，任凭皇帝自己做主。
大学士陈演代表大臣们说：皇上要调吴三桂精兵入关，确为灭寇良策。但山海关和宁远迫近京城，关系重大，为有吴军，清兵才不能长驱直入，若一旦调去，其他各处未必能够支撑得住。万一有了差错，臣等万死也不足以承其责任。此事关系安危大计，臣等密议多时，不敢轻易以封疆为尝试，伏乞皇上圣裁。
而兵部尚书张彦缙更明确指出，调不调吴三桂，实际上是弃不弃宁远的问题。
崇祯皇帝无法向朝臣推卸责任，只得反复向朝臣解释说：“放弃宁远，退守山海关，虽属下策，实在是不得已而为之。”
但陈演等大臣们为了慎重其事，其实是要彻底推脱责任，仍然提出兹事体大，要由九卿科道会议讨论，再后来还提出要咨讯各地督抚的意见，即使放弃宁远，也要妥善安排宁远撤兵后山海关的防御和关外军民的安置。因而调动吴三桂部的事情同样一拖再拖，直到现在还没有正式定下来。